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风湿性免疫系统疾病的中心是自身抗体的产生。自身抗体参予自身免疫性疾病的发作过程。

首先，免疫系统复合物可在的组织中构成或沉积，转录补体，诱导补体依赖性细胞毒性(CDC)，引发的组织受损。例如，在狼疮肾炎小鼠模型中，切断b细胞co性刺激牵头环磷酰胺化疗可增加免疫系统复合物沉积和肾小球肾炎，保持肾功能。

类风湿关节炎(RA)与类风湿因子、与iggfc融合的自身抗体和外用瓜氨酸蛋白抗体(acpas)的产生有关。在RA中，所含类风湿因子和ACPA的免疫系统复合物可转录关节补体通路，产生C5a和膜反击复合物(MAC)，均可造成关节受损;类风湿因子IgM也可减少ACPA免疫系统复合物细胞内的补体活化。第二，自身抗体通过抗体倚赖细胞细胞内的细胞毒性(ADCC)增进的组织受损。

其机制是靶的组织抗原与巨噬细胞、中性粒细胞、自然杀伤细胞(NK)等Fc受体效应细胞(FcRs)协同作用。例如，易患狼疮的小鼠IgGFCR基因再次发生变异，增加效应细胞的参予，增加肾小球肾炎，提升肾脏输出量。第三，所含免疫系统复合物的自身抗体也可以通过FcRs和toll样受体(对巨噬细胞和树突状细胞)或B细胞受体(BCR)和TLRs(对B细胞)的双重起到转录免疫细胞。

通过增进免疫系统复合物在树突状细胞上阻抗抗原，可以有效地转录T细胞。T细胞和B细胞相互作用B细胞是少数几种能通过MHCII类分子的APC细胞。

虽然树突状细胞被指出是愚蠢CD4T细胞反应的主要启动因子，但B细胞也可以与CD4T细胞相互作用，通过MHCII类细胞内的抗原呈递转录CD4T细胞，而CD4T细胞反过来又获取同源B细胞的协助。在免疫系统接收者过程中，初始CD4T细胞被抗原呈递树突状细胞转录，分化为T辅助性细胞亚群，还包括T滤泡辅助性细胞(TFH)。在无用中心，TFH细胞与同源B细胞相互作用，增进同型转化成和体细胞低变异，增进B细胞向记忆B细胞和浆细胞分化。抗原递呈障碍与自身免疫的发作机制密切相关。

例如，部分HLA-DRB1等位基因可与瓜氨酸化肽融合，与RA的再次发生发展有关。此外，其他HLAI类和HLAII类等位基因与系统性红斑狼疮(SLE)和强直性脊柱炎的易感性有关。

病理T-B细胞相互作用也与炎症的组织(如RA滑膜)中异位淋巴样结构的不存在和自身抗体亲和力成熟期的证据有关。例如，在系统性红斑狼疮小鼠模型中，抗核抗体(ANAs)通过低体细胞变异沦为低亲和力(因而低致病性)的自身抗体。此外，RA患者的ACPA和类风湿因子也有低变异的迹象，提醒类风湿因子的成熟期参予了RA的发作机制。除了b细胞与tfh细胞的相互作用外，b细胞与其他细胞的相互作用在自身免疫性疾病中也起着最重要的起到。

例如，在ra42患者的滑膜中，有所不同的T细胞群强化了非淋巴的组织中b细胞的反应，称作外周T辅助细胞。细胞因子的生产B细胞除了产生自身抗体和抗原外，还可以通过产生细胞因子来调节免疫系统接收者。B细胞产生促炎细胞因子,如干扰素-γ,白介素-2,以及抗炎细胞因子il-10、il-4。

多发性硬化特别是在与B细胞产生细胞因子的功能失调有关，而B细胞细胞内的细胞因子黏液功能失调在系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎等自身免疫性疾病中也不存在。在系统性红斑狼疮小鼠、il-6的生产和干扰素-γ为自发性无用中心B细胞是适当的构成和TFH细胞分化。这个过程也有可能再次发生在其他自身免疫性疾病(例如,IFN-γ回应B细胞不断扩大在多发性硬化症)。B细胞IL-6可增进B细胞增殖，在T细胞等多种细胞中充分发挥多向起到。

因此，化疗靶向B细胞可以避免B细胞和T细胞的耐受性失去，增加可增进自身免疫的炎症反应。

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